Webspot Pieter van Ede

Softwareproject

Bij dit project heb ik in een team van 9 studenten gebouwd aan Spectre. Met dit programma worden de gegevens van massaspectrometers, waarmee biologen monsters onderzoeken op de aanwezigheid en hoeveelheid van bepaalde eiwitten, gevisualiseerd en ge-analyseerd. In dit project moesten we zowel programmeren als contact houden met de klant en het project managen. Naast het programmeren heb ik me binnen het team ook bezighouden met het aansturen van het team, onder andere als voorzitter tijdens vergaderingen.

Spectre

In opdracht van het Netherlands Proteomics Centre hebben wij Spectre ontwikkeld, dat op een efficiƫnte manier de data die uit massaspectrometers komt kan inlezen. Aangezien deze bestanden enkele honderden megabytes groot zijn hebben we hiervoor een geavanceerde parser gebouwd. Vervolgens kan het programma de gegevens visualiseren zodat een bioloog al snel de grove eigenschappen van de data kan zien. Vervolgens kan het programma ruis wegfilteren en pieken detecteren, dat wil zeggen analyseren op welke plekken in de data zich peptiden (delen van eiwitten) bevinden.

Bekijk
Spectre op SourceForge